Marcos Portugal, o famoso compositor, compôs e tocou mais de 20 obras nos orgãos desta Basílica. Os seis orgãos foram construídos no tempo de D. João VI e parte deles entrou em funcionamento nas vésperas de partida da família real para o Brasil. O projecto foi entregue aos organeiros António Machado e Cerveira e Peres Fontanes.

Esquecido pelo Romantismo e pontualmente restaurado no Século XX, este conjunto permanece como um dos mais excepcionais núcleos de orgãos barrocos do mundo, concebidos de raiz para dialogar entre si no mesmo espaço, projecto tão ambicioso que nunca mais se repetiu. Em 1994 foram iniciados os trabalhos de restauro e foram ouvidos pela primeira vez a 15 de Maio de 2010.