Fundado em data incerta, no séc. XIII, por D. Mafalda, infanta de Portugal, enquanto recolhimento de beguinas.

Confirmado e em pleno funcionamento em 1272, o pequeno mosteiro viria a adotar a Ordem de Santa Clara. Já nos séc. XV e XVI, viria a ser alvo de uma profunda intervenção, patrocinada pelos donatários do concelho de Gouveia de Riba-Tâmega, que nele instalam o seu panteão familiar. No séc. XVI, Manuel Cerqueira, mestre-escola da Sé de Évora, procede a uma nova remodelação, edificando, entre outras beneficiações, a capela lateral de S. José.

No dia 18 de Abril, de 1809, o mosteiro é consumido pelas chamas que o exército napoleónico ateou após uma batalha com as forças luso-inglesas, tendo escapado incólume a sua igreja. Depois de um longo processo de reedificação, o mosteiro volta a ser ocupado pelas religiosas que atempadamente se haviam retirado para o mosteiro da Madre de Deus de Monchique, na cidade do Porto.

Em 1833, com a proibição de novas admissões ao noviciado e em 1834, com a extinção das Ordens religiosas em Portugal, o mosteiro de Santa Clara inicia o processo de morte lenta que culmina em 1862, com a transferência da sua última religiosa para o mosteiro de Santa Clara do Porto.

Tendo sido depois vendido em hasta pública e convertido, a pouco-e-pouco, numa residência particular – a Casa da Cerca – por um emigrante português no Brasil, que alterou a configuração original, com transformações e adaptações, manteve-se, no entanto, na designação, a memória da cerca monástica.

Na Casa da Cerca, adquirida pela Câmara Municipal de Amarante, em 1993, com a finalidade de aí serem instalados a Biblioteca e Arquivo Municipais, foram realizadas sondagens arqueológicas, pondo a descoberto diversos achados, desde fragmentos de peças de cerâmica e de azulejos a alfinetes metálicos, contas de rosário, medalhas e moedas.

As freiras do ramo feminino da Ordem Mendicante Franciscana, devotas de Santa Clara (advogada da fala), foram as principais responsáveis pelo desenvolvimento e difusão da doçaria que constitui, hoje, uma das referências da cultura local. A oferenda à santa de aves de capoeira – metáfora da desenvoltura da fala rogada pelos fiéis com dificuldades – permitiu a utilização dos seus ovos, principal matéria-prima que deu origem à doçaria que hoje apelidamos de conventual, designadamente: São Gonçalos, Foguetes, Papos de Anjo, Brisas do Tâmega, Lérias e Pingos de Tocha.

Do antigo conjunto monástico resta atualmente pouco mais que o templo, parcialmente demolido, em 1962, aquando do alargamento da rua, nomeadamente a capela lateral de São José. Nesta, é de salientar o pormenor da abóbada de berço, com caixotões guarnecidos de rosetas esculpidas e centradas pela pedra de armas dos Cerqueiras, idêntica à existente na entrada da capela.