Localizada sobre uma elevação a sudeste da vila de Messejana, quando da sua edificação pelo Conselho da Vila antes de 1510, a ermida era constituída por uma só casa, sendo posteriormente acrescentados outros espaços, o do altar e o da assembleia, divididos por um arco com frisos, possuindo a zona do altar pé-direito mais baixo.

Em 1534, apesar do seu estado de degradação a ermida possuía em 1534 sobre o altar, de alvenaria, um retábulo de três peças pintado a óleo com as imagens de São Sebastião, ao centro, São Francisco, à esquerda, e São Brás, à direita. 

Segundo os testemunhos da população a ermida serviu, no início do século XX, de local de quarentena durante uma epidemia de varíola e mais recentemente de casa de habitação a uma família. Entretanto foi utilizada como estábulo e palheiro e atualmente encontra-se em ruína.