Este templo do séc. XVI possui um notável interesse histórico e artístico. A sua traça arquitetónica, onde sobressai o seu portal, identifica-o com o período Maneirista. A planta, o portal e a porta de acesso à Sala do Capítulo são característicos da tipologia das igrejas de Misericórdia deste período. A estrutura abobadada possui um carácter arcaizante, ainda muito próximo das soluções manuelinas. Pequeno campanário elevado sobre a cornija da cabeceira. Na fachada um pórtico munido de arquitrave, com inscrição no friso e frontão triangular com tímpano armoriado, assente em colunas toscanas;

No altar existe uma linda imagem de Nossa Senhora das Dores e na capela-mor alguns quadros da escola Maneirista sobre a Anunciação à Virgem, o Nascimento, Sepultura e Ressurreição de Cristo.

No corpo da igreja, existe outro quadro que representa a Visitação de Nosso Senhor a Santa Isabel, o qual tem especial interesse, não só pelo seu valor real, mas porque documenta a data de uma festa realizada, anualmente, no dia 2 de Julho, em honra de Santa Isabel, quando eram recebidas as rendas e os foros das herdades que a Misericórdia possuía e eram distribuídas esmolas aos pobres, conforme vontade dos vários doadores de bens à Santa Casa.

Esta igreja foi também centro de assistência religiosa aos doentes, de oração pelos que doavam os seus bens à Misericórdia e lugar onde se realizavam as cerimónias religiosas da Semana Santa, cujo ponto alto era a procissão do “Enterro do Senhor”. No seu púlpito ecoaram as vozes dos melhores oradores dos conventos de S. Francisco e do Carmo, de Beja. Fica situada no centro histórico da vila de Aljustrel, na praça 13 de Janeiro (de 1898 – data da restauração do concelho de Aljustrel, que tinha sido extinto em 25 de Novembro de 1895). Nesta praça, anteriormente designada por Praça da Vila, onde outrora existia o pelourinho, realizavam-se, no séc. XIX, concorridas touradas inseridas nas festas em honra de S. Luís.