Em 1859 é criado em Aljustrel um mercado franco semanal, a ter lugar ao domingo, e que tinha lugar no local onde é hoje a Praça 13 de Janeiro. Este mercado, que em 1901 passa a diário, manteve-se nesse local até 1929, tendo lugar num terreiro, em que os produtos estavam expostos ao pó e ao calor durante os meses de verão e à chuva e à lama durante os meses de Inverno, com queixas constantes, tanto do público como dos comerciantes, que suportavam diariamente o frio e a chuva durante os meses de Inverno e um sol abrasador nos meses de Verão.

Em 1906 a Câmara Municipal decide construir, no local atual, um mercado de raiz. Burocracias e falta de dinheiro fazem com que apenas em 1927 seja adjudicada a um pedreiro a obra de construção civil do mercado municipal, que acaba por ser inaugurado em 1929, compreendendo um edifício de tijolo e alvenaria de pedra, com diversas lojas em torno de uma área central onde se encontravam os “tabuleiros” de venda. Possuía ainda exteriormente, um telheiro metálico, aberto, onde se efetuava a venda do peixe, e uma zona ajardinada.

Em 2007 sofreu obras de recuperação e adaptação, tendo sido eliminado o telheiro metálico da venda de peixe uma vez que esta passou a ser feita num edifício anexo, construído para o efeito. No lugar do telheiro metálico foi colocada uma fonte ornamental.

Posteriormente, em 2017, o espaço foi de novo requalificado tendo-se melhorado substancialmente as suas condições, tanto para o público como para vendedores e passando a albergar uma dependência do Posto de Turismo.